Bandai udsender hurtigt en afløser til den sort/hvide WonderSwan. WonderSwan Color er blevet en smule mindre fysisk og 2 g lettere. Skærmen er også vokset fra 2,5” til 2,8” men det er farveskærmen der gør den store forskel.

Af ekstra udstyr producere Bandai en lille 6 benet robot bille, der kaldes Wonderborg. Via en WonderSwan kan billen programmeres og den navigere rundt via sine 7 forskellige indbygget sensorer.
| Bandai WonderSwan Color | |
| Producent: | Bandai |
| Produceret fra: | 2000–2003 |
| CPU: | 16-bit NEC V30MZ |
| Hastighed: | 3,072 MHz |
| CO-Processor: | Ingen |
| RAM: | 64 KB |
| Video RAM: | 512 KB |
| ROM: | Cartridges op til 16 MB |
| Opløsning: | 224×144 på 2,9″ TFT-LCD |
| Farver: | Op til 241 ud af 4096 mulige |
| Lyd: | 4 kanaler, mono |